• Hodowla drobnoustrojów w warunkach tlenowych i beztlenowych – inkubatory i cieplarki
  
  
• Fenotypowa identyfikacja drobnoustrojów  - Microskan, mikroskopia świetlna
  
  
• Genotypowa charakterystyka drobnoustrojów – identyfikacja gatunkowa – MALDI, identyfikacja genów markerowych w klasycznej reakcji PCR, analiza restrykcyjna, elektroforeza agarozowa, PAGE, elektroforeza kapilarna, MLST
  
  
• Badanie ekspresji genów na poziomie transkryptu – odwrotna transkrypcja i reakcja PCR w czasie rzeczywistym
  
  
• Badanie właściwości biofilmu bakteryjnego – test z CV, TTC, sonikator,  mikroskopia fluorescencyjna
  
  
• Badanie profili lekowrażliwości: MIC,MBC - testy krążkowe, testy mikropłytkowe  
  
  
• Badanie bakteriocyn – fenotypowe testy aktywności bójczej, HPLC, SDS-PAGE

• inkubatory do hodowli bakterii
• inkubator do hodowli komórek
• komory laminarne
• wirówki nablatowe i sprzęt laboratoryjny do separacji kwasów nukleinowych
• amplifikatory kwasów nukleinowych
• aparaty do amplifikacji w czasie rzeczywistym qRT-PCR
• mikroskopy optyczne proste
• mikroskop fluorescencyjny odwrócony
• czytnik mikropłytkowy  BioTek
• sonikator
• aparatura do analiz elektroforetycznych

Projekty badawcze koncentrują się na zagadnieniach związanych z  molekularnym podłożem patogenności drobnoustrojów.

1. Interakcja patogen – gospodarz w odniesieniu do infekcji pozajelitowych powodowanych przez szczepy Escherichia coli.

Pozajelitowe patogenne szczepy E. coli (ExPEC) są fakultatywnymi patogenami, które wywodzą się od szczepów komensalnych bytujących w przewodzie pokarmowym człowieka. Wiedza na temat zjadliwości, cech przystosowawczych i wpływu organizmu człowieka na utrwalanie się cech patogenności u E.coli, głównie z powodu dużej elastyczności genomu w tym gatunku, stale jest niepełna. Szczepy ExPEC (w tym uropatogenne) wykorzystują różne czynniki zjadliwości, które ułatwiają wzrost i utrzymywanie się tych bakterii poza ukł. Pokarmowym (ukł. moczowy) . Ważnymi mechanizmami zjadliwości są adhezja, inwazja, unikanie mechanizmów obronnych żywiciela i bezpośrednia interferencja z funkcjami komórkowymi gospodarza poprzez wydzielane efektory. Do grupy efektorów należą cyklomoduliny (CM) będące toksynami zakłócającymi cykl komórkowy komórek gospodarza. U gatunku E. coli zidentyfikowano cztery rodzaje CM: toksyny rho ukierunkowane na GTPazę od CNF-1 do CNF-3 (cytotoksyczne czynniki martwicze), czynnik hamujący cykl (Cif) i dwa rodzaje genotoksyn, cytoletalne toksyny rozszerzające (CDT) I do V (19) i niedawno odkryta kolibaktyna.  CDT, Cif i kolibaktyna blokują mitozę, podczas gdy CNF promują replikację DNA bez cytokinezy.

Wysoka aktywność rekombinacyjna ruchomych elementów genomu E. coli stwarza realne zagrożenie łącznego przenoszenia się czynników wirulencji i lekooporności. Identyfikacja genów wirulencji i lekooporności na różnych platformach genetycznych (wyspach patogenności PAI) pozwoli wykazać w jaki sposób wśród szczepów EXPEC kształtuje się tendencja do asocjacji zróżnicowanych genetycznych determinant. Dla potwierdzenia sposobu rozpowszechniania się typowych ExPEC w badanej populacji pacjentów identyfikowane są typy sekwencyjne (ST) metodą MLST, gdzie produkty reakcji PCR dla siedmiu genów metabolizmu podstawowego są poddawane sekwencjonowaniu, a następnie analizie porównawczej w celu identyfikacji ST. Ocena zdolności szczepów do tworzenia biofilmu umożliwia ocenę korelacji między podłożem genetycznym a zdolnością wywoływania infekcji 

2. Molekularna charakterystyka typów HPV najczęściej identyfikowanych w regionie lubuskim

Badania genetyczne mają na celu identyfikację typu wirusa HPV i określenie stanu fizycznego genomu (integracja/episom). W typowaniu genetycznym zostaną wykorzystane dwa rodzaje technik- metoda PCR-RFLP i metoda qRT-PCR. Do identyfikacji typu HPV jest wykorzystywana analiza PCR-RFLP, która  umożliwia  identyfikację 30  genotypów HPV i różnicowanie zakażenia wywołanego jednym typem od zakażenia wielorakimi typami wirusa. Reakcja amplifikacji w czasie rzeczywistym -Real-Time PCR – jest metodą pozwalającą na ocenę stanu fizycznego genomu HPV (episom /integrat) oraz stopnia obciążenia komórki gospodarza wirusem (liczba kopii genomu/komórkę).

Zasada tych badań wykorzystuje fakt, że internalizacja wirusa do genomu gospodarza powoduje destrukcję genu E2 wirusa, który jest supresorem  genu E6 i/lub E7. W konsekwencji jeżeli wirus występuje w formie wolnej (episom) zarówno gen E2 jak i E6/7 są identyfikowane na porównywalnym  poziomie. Natomiast jeżeli wirus ulega internalizacji z genomem komórki gospodarza powinien być obserwowany wysoki poziom genu E6/7 przy braku sygnału dla genu E2. Analiza polimorfizmu sekwencji genów E6 i E7  pozwoli na  uchwycenie korelacji między genetyczną formą wirusa a jego potencjałem do wywoływania zmian rakowych.

1. Molekularne podłoże oporności na trimetoprim i sulfametoksazol u uropatogennych szczepów Escherichia coli izolowanych od osób hospitalizowanych z województwa lubuskiego. Mazurek-Popczyk J. , Berlik D., Baldy-Chudzik K. Wydawnictwo Naukowe Tygiel 2023, 4,s. 7—21.
   
   
2. Changes in the Mechanical Properties of Alginate-Gelatin Hydrogels with the Addition of Pygeum africanum with Potential Application in Urology. Kurowiak J. , Kaczmarek-Pawelska A. , Mackiewicz A. , Baldy-Chudzik K. , Mazurek-Popczyk J. , Zaręba Ł. ,Klekiel T. , Będziński R. International Journal of Molecular Sciences, 2022,Vol. 23, Iss. 19, 1—16.
   
   
3. Evaluation of bioflm formation on acrylic resins used to fabricate dental temporary restorations with the use of 3D printing technology, Mazurek-Popczyk J. , Nowicki A. , Arkusz K. , Pałka Ł. , Zimoch-Korzycka A. , Baldy-Chudzik K. , BMC Oral Health, 2022, Vol. 22, Article no. 442, 1—12.
   
   
4. Personalized, 3D-printed fracture fixation plates versus commonly used orthopaedic implant materials-biomaterials characteristics and bacterial biofilm formation. Mazurek-Popczyk J. , Palka Ł. , Arkusz K. , Dalewski B. , Baldy-Chudzik K. , Injury, 2022, Vol. 53, iss. 3, 938—946.
   
   
5. Jak HPV wysokiego ryzyka indukuje optymalne środowisko dla własnej replikacji w różnicującym się nabłonku. Kożańska A. , Baldy-Chudzik K. , Postępy Higieny i Medycyny Doświadczalnej,2021, Vol. 75, Iss. 2, 773—789.
   
   
6. Antibacterial Activity of Bacteriocinogenic Commensal Escherichia coli against Zoonotic Strains Resistant and Sensitive to Antibiotics. Mazurek-Popczyk J. , Pisarska J. , Bok E., Baldy-Chudzik K. , Antibiotics, 2021, Vol. 9, 411, 1—13.